corrplot包绘制相关系数图

corrplot包绘制相关系数图

R包corrplot提供了一个关于相关矩阵的可视化探索工具,支持自动变量重新排序,以帮助检测变量之间的隐藏模式。

corrplot 非常易于使用,并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图选项。它还提供 p 值和置信区间,以帮助用户确定相关性的统计显着性。

corrplot()有大约 50 个参数,但最常见的参数只有几个。在大多数场景中,我们只需要一行代码就可以得到一个相关矩阵图。

最常用的参数有methodtypeorderdiag等。

methodcorrplot 包中有七种可视化方法(参数), 分别是 circle, square, ellipse, number, shade, color, pie。默认颜色设置下,字形的颜色强度与相关系数成正比。

  • circle/square,圆形或正方形的面积表示相应相关系数的绝对值。
  • ellipse,椭圆的偏心率参数化地缩放到相关值。
  • number, 不同颜色的系数数字。
  • color,大小相同的正方形,颜色不同。
  • shade, 类似于color, 但负系数字形带有阴影。
  • pie,圆圈顺时针填充正值,逆时针填充负值。

corrplot.mixed()是一个混合可视化风格的封装函数,可以分别设置下三角和上三角的可视化方式。

共有三种布局类型(参数typefullupper'lower

相关矩阵可以根据相关矩阵系数重新排序。这对于识别矩阵中的隐藏结构和模式很重要。

library(corrplot)
#图1
M = cor(mtcars)
corrplot(M, method = 'number') # colorful number
corrplot包绘制相关系数图插图
图1
#图2
corrplot(M, method = 'color', order = 'alphabet') 
corrplot包绘制相关系数图插图1
图2
#图3
corrplot(M) # by default, method = 'circle'
corrplot包绘制相关系数图插图2
图3
#图4
corrplot(M, order = 'AOE') # AOE重新排序以后
corrplot包绘制相关系数图插图3
图4
#图5
corrplot(M, method = 'shade', order = 'AOE', diag = FALSE)
corrplot包绘制相关系数图插图4
图5
#图6
corrplot(M, method = 'square', order = 'FPC', type = 'lower', diag = FALSE)
corrplot包绘制相关系数图插图5
图6
#图7
corrplot(M, method = 'ellipse', order = 'AOE', type = 'upper')
corrplot包绘制相关系数图插图6
图7
#图8
corrplot.mixed(M, order = 'AOE')
corrplot包绘制相关系数图插图7
图8
#图9
corrplot.mixed(M, lower = 'shade', upper = 'pie', order = 'hclust')
corrplot包绘制相关系数图插图8
图9

ggpolot2当然也可以绘制这些图,但是显然没有corrplot2简单,基本上只需要一行代码,就可以得到很精美的相关系数热力图。

大家可以试试。

以上来自corrplot的官方网站:https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html